Антибиотиците не правят разлика — те унищожават полезните бактерии заедно с вредните, оставяйки червата уязвими. Резултатът е често хлабави изпражнения, подуване и храносмилателен дискомфорт, продължаващ седмици. Приемането на целенасочени пробиотици по време и след антибиотично лечение помага за по-бързото повторно заселване на червата.