Kiseli refluks jedna je od najčešće guglanih probavnih tegoba na svijetu. Nastaje kada želučana kiselina teče natrag u jednjak, uzrokujući pečenje u grudima ili kiseli okus u ustima. Česta refluksna tegoba dijagnosticira se kao gastroezofagealna refluksna bolest (GERB). Neuravnoteženi crijevni mikrobiom može pogoršati simptome narušavanjem donjeg sfinktera jednjaka i pojačavanjem crijevne upale. Primjena probiotika sve se više istražuje kao komplementarni pristup liječenju GERB-a.