Crohnova bolest je kronična upalna bolest crijeva (IBD) koja može zahvatiti bilo koji dio probavnog trakta. Simptomi uključuju jaku bol u trbuhu, trajni proljev, umor, gubitak težine i rektalno krvarenje. Danas se razumije kao posljedica disreguliranoga imunološkog odgovora na crijevne bakterije kod genetski predisponiranih osoba. Istraživanje mikrobioma identificiralo je specifične bakterijske neravnoteže kod pacijenata.