Citokini su kemijski glasnici imunološkog sustava — mali proteini koje stanice koriste za komunikaciju tijekom infekcija ili upala. Crijevni mikrobiom igra ključnu ulogu u kalibriranju proizvodnje citokina: uravnoteženi mikrobiom promiče protuupalno signaliziranje, dok disbioza može pokrenuti kroničnu nisku upalu. Povišeni citokini obilježje su IBS-a, IBD-a i mnogih autoimunih stanja.
