Crijevna flora širokokorišteni je laički termin za zajednicu mikroorganizama koji žive u probavnom sustavu. U znanstvenoj literaturi preferirani termin je crijevna mikrobiota. Zdravu crijevnu floru karakterizira visoka raznolikost, dominacija korisnih vrsta i sposobnost oporavka nakon poremećaja. Crijevnu floru oblikuju prehrana, način rođenja, povijest primjene antibiotika, dob i način života.
