Intolerancija na histamin stanje je u kojemu tijelo ne može dovoljno brzo razgraditi histamin — ili zato što je enzim DAO deficijentan, crijevne bakterije prekomjerno proizvode histamin ili oboje. Simptomi uključuju glavobolje, crvenilo kože i koprivnjaču, probavne grčeve i nadutost, proljev, začepljenje nosa i umor nakon konzumiranja namirnica okidača. HIT se često pogrešno dijagnosticira kao IBS ili alergije. Obnova ravnoteže crijevnog mikrobioma ciljanim probioticima najizravnija je intervencija.