Ljudski mikrobiom potpuna je kolekcija mikroorganizama — bakterija, virusa, gljivica i arheja — koji žive na i u ljudskom tijelu. Crijeva su najveće i najproučavanije mjesto, ali svaka tjelesna površina ima vlastiti mikrobni ekosustav. Zajedno te zajednice sadrže procijenjeno 3 milijuna jedinstvenih gena — otprilike 150 puta više genetičkih informacija od ljudskog genoma — obavljajući tisuće metaboličkih funkcija koje ljudsko tijelo ne može samo obaviti.
