IBD je skupni termin za kronične upalne uvjete probavnog trakta, uključujući Crohnovu bolest i ulcerozni kolitis. Za razliku od IBS-a koji je funkcionalan, IBD uključuje mjerljivu strukturnu upalu i oštećenje tkiva. Simptomi uključuju jaku bol u trbuhu, krvavi proljev, umor, gubitak težine i temperaturu. IBD se smatra autoimunom-mikrobiomskom bolešću: genetska predispozicija plus disbioza crijevnog mikrobioma pokreće pogrešni imunološki odgovor.
