Modulacija imuniteta opisuje kako crijevni mikrobiom kontinuirano trenira i podešava imunološki sustav. Oko 70 posto svih imunoloških stanica nalazi se u crijevnom limfatičkom tkivu (GALT) u stalnom dijalogu s crijevnim bakterijama. Kroz tu komunikaciju korisne bakterije kalibriraju upalne odgovore, pomažu razlikovati proteine hrane od stvarnih prijetnji i sprječavaju neprimjerenu imunološku aktivaciju. Narušeni mikrobiom sve se više povezuje s autoimunim bolestima, alergijama i kroničnom upalom.
