Određene crijevne bakterije — posebno Akkermansia muciniphila i Faecalibacterium prausnitzii — nazivaju se ključnim vrstama: unatoč relativno malom broju imaju nerazmjerno velik utjecaj na stabilnost mikrobioma i zdravlje crijeva. Njihov gubitak može pokrenuti kaskadne neravnoteže u mikrobnoj zajednici. Niske razine F. prausnitzii dosljedno se nalaze u bolesnika s IBD-om i IBS-om. Zaštita ključnih vrsta temeljno je načelo održavanja zdravlja crijeva.
