Omega-3 masne kiseline (EPA i DHA) imaju izravnu dobro istraženu vezu s crijevnim mikrobiomom. Povećavaju mikrobiotičku raznolikost, podržavaju rast korisnih bakterija uključujući Bifidobacterium i Lactobacillus, smanjuju crijevnu upalu i jačaju crijevnu barijeru. Omega-3 također poboljšava kolonizaciju probiotika pomažući korisnim bakterijama da se učinkoviteje uspostave u crijevima. Zato formulacije beie. sadrže omega-3 uz probiotičke sojeve.