Oralni mikrobiom — usta sadrže oko 700 bakterijskih vrsta — ulazna su točka crijevnog mikrobioma. Oralne bakterije putuju svakim gutljajem u probavni trakt gdje mogu utjecati na sastav crijevnih bakterija. Neravnoteže oralnog mikrobioma povezane su ne samo sa zubnim bolestima već i sa srčano-žilnim bolestima, dijabetesom, Alzheimerovom bolešću i IBD-om. Dobra oralna higijena je podcijenjen dio održavanja zdravlja crijeva.
