Patobionti su mikroorganizmi koji bezopasno žive u uravnoteženom mikrobiomu, ali postaju štetni kada se uvjeti promijene. H. pylori, Clostridioides difficile i određeni sojevi E. coli postoje u malim brojevima u mnogim zdravim crijevima bez uzrokovanja problema. Disbioza uzrokovana antibioticima, bolešću ili prehrambenim promjenama može dopustiti patobiontima brz prekomjerni rast i uzrokovati stanja poput C. difficile kolitisa, SIBO-a i IBS-a.
