Masne kiseline kratkih lanaca — primarno butirat, acetat i propionat — najvažniji su metaboliti koje crijevne bakterije proizvode fermentacijom prehrambenih vlakana. Služe kao primarni izvor energije za stanice debelog crijeva, reguliraju imunološku funkciju, održavaju integritet crijevne barijere i čak utječu na funkciju mozga putem osovine crijevo-mozak. Niska produkcija SCFA izravno je povezana s IBS-om, IBD-om, zatvorom, propusnim crijevima i metaboličkim bolestima.
