Za razliku od crijeva gdje je raznolikost poželjna, vaginalni mikrobiom je najzdraviji kada je dominiran jednim rodom: Lactobacillus. Ta dominacija stvara kiselo vaginalno okruženje koje štiti od bakterijske vaginoze, gljivičnih infekcija, spolno prenosivih infekcija i trudničkih komplikacija uključujući prijevremeni porod. Podrška vaginalnim Lactobacillus populacijama ciljanim oralnim probioticima je pristup temeljen na dokazima s jakom kliničkom podrškom.
