Ksenobiotici su strani kemijski spojevi — lijekovi, pesticidi, prehrambeni aditivi i onečišćivači okoliša — koji mogu značajno promijeniti crijevni mikrobiom. Inhibitori protonske pumpe značajno smanjuju raznolikost mikrobioma. Umjetni zaslađivači pokazali su se da mijenjaju regulaciju glukoze u krvi putem promjena mikrobioma. Svjesnost o ksenobioticima je podcijenjena dimenzija zdravlja crijeva.
