Žmogaus mikrobiomas yra visa mikroorganizmų kolekcija – bakterijų, virusų, grybų ir archėjų – gyvenančių žmogaus kūne ir ant jo. Žarnynas yra didžiausia ir labiausiai tiriama vieta, tačiau kiekvienas kūno paviršius turi savo mikrobinę ekosistemą. Kartu šios bendrijos turi apie 3 mln. unikalių genų – maždaug 150 kartų daugiau genetinės informacijos nei žmogaus genomas – atliekančių tūkstančius metabolinių funkcijų.
