Omega-3 riebalų rūgštys (EPA ir DHA) turi tiesioginį, gerai ištirtą ryšį su žarnyno mikrobioma. Jos didina mikrobinę įvairovę, palaiko naudingų bakterijų, įskaitant Bifidobacterium ir Lactobacillus, augimą, mažina žarnyno uždegimą ir stiprina žarnyno barjerą. Omega-3 taip pat gerina probiotikų kolonizaciją – padeda naudingoms bakterijoms įsitvirtinti žarnyne efektyviau. Todėl beie. formulėse kartu su probiotikų padermėmis yra omega-3.