Ksenobiotikai yra pašalinės cheminės medžiagos – vaistai, pesticidai, maisto priedai ir aplinkos teršalai – galintys reikšmingai pakeisti žarnyno mikrobiomą. Protonų siurblio inhibitoriai žymiai sumažina mikrobiomo įvairovę. Dirbtiniai saldikliai buvo parodyta keičiantys kraujo gliukozės reguliavimą per mikrobiomo pokyčius. Sąmoningumas apie ksenobiotikus yra neįvertinta žarnyno sveikatos dimensija.
