Črevesna flora je široko uporabljen laični izraz za skupnost mikroorganizmov, ki živijo v prebavnem sistemu. V znanstveni literaturi je prednostni izraz črevesna mikrobiota. Zdravo črevesno floro je značilna visoka raznolikost, prevlada koristnih vrst in sposobnost okrevanja po motnjah. Črevesno floro oblikujejo prehrana, način poroda, zgodovina jemanja antibiotikov, starost in življenjski slog.
