Človekov mikrobiom je popolna zbirka mikroorganizmov — bakterij, virusov, gliv in arhej — ki živijo na in v človeškem telesu. Črevesje je največje in najbolj raziskano mesto, toda vsaka telesna površina ima lastni mikrobni ekosistem. Skupaj te skupnosti vsebujejo ocenjenih 3 milijone edinstvenih genov — približno 150-krat več genetskih informacij kot človekov genom — in opravljajo tisoč metabolnih funkcij, ki jih človeško telo ne more opraviti samo.
