IBD je skupni izraz za kronične vnetne razmere prebavnega trakta, vključno s Crohnovo boleznijo in ulceroznim kolitisom. Za razliko od IBS-a, ki je funkcionalen, IBD vključuje merljivo strukturno vnetje in poškodbo tkiva. Simptomi vključujejo hude trebušne bolečine, krvavo drisko, utrujenost, izgubo teže in temperaturo. IBD velja za avtoimunsko-mikrobiomsko bolezen: genetska predispozicija plus disbioza črevesnega mikrobioma sprožita napačni imunski odziv.
