Modulacija imunosti opisuje, kako črevesni mikrobiom nenehno trenira in uravnava imunski sistem. Približno 70 odstotkov vseh imunskih celic se nahaja v črevesnem limfoidnem tkivu (GALT) v stalnem dialogu s črevesnimi bakterijami. Prek tega pogovora koristne bakterije umerjajo vnetne odzive, pomagajo razlikovati beljakovine hrane od resničnih groženj in zavirajo neprimerno imunsko aktivacijo. Moteni mikrobiom je vse bolj povezan z avtoimunskimi boleznimi, alergijami in kroničnim vnetjem.
