Določene črevesne bakterije — zlasti Akkermansia muciniphila in Faecalibacterium prausnitzii — se imenujejo ključne vrste: kljub razmeroma majhnemu številu imajo nesorazmerno velik vpliv na stabilnost mikrobioma in zdravje črevesja. Njihova izguba lahko sproži kaskadna neravnovesja v mikrobni skupnosti. Nizke ravni F. prausnitzii se dosledno najdejo pri bolnikih z IBD-om in IBS-om. Varovanje ključnih vrst prek prehrane in ciljne probiotične suplementacije je temeljno načelo vzdrževanja zdravja črevesja.
