Omega-3 maščobne kisline (EPA in DHA) imajo neposredno dobro raziskano razmerje s črevesnim mikrobiomom. Povečujejo mikrobno raznolikost, podpirajo rast koristnih bakterij, vključno z Bifidobacterium in Lactobacillus, zmanjšujejo črevesno vnetje in krepijo črevesno bariero. Omega-3 prav tako izboljša kolonizacijo probiotikov — pomaga koristnim bakterijam, da se učinkoviteje uveljavijo v črevesju. Zato formulacije beie. vsebujejo omega-3 skupaj s probiotičnimi sevi.
