Ustni mikrobiom — usta vsebujejo približno 700 bakterijskih vrst — je vstopna točka za črevesni mikrobiom. Ustne bakterije potujejo z vsakim požirkom v prebavni trakt, kjer lahko vplivajo na sestavo črevesnih bakterij. Neravnovesja ustnega mikrobioma so bila povezana ne le z zobnimi boleznimi, temveč tudi s srčno-žilnimi boleznimi, sladkorno boleznijo, Alzheimerjevo boleznijo in IBD-om. Dobra ustna higijena je podcenjen del vzdrževanja zdravja črevesja.
