Patobionti so mikroorganizmi, ki v uravnoteženem mikrobiomu živijo neškodljivo, postanejo pa škodljivi, ko se razmere spremenijo. H. pylori, Clostridioides difficile in določeni sevi E. coli obstajajo v majhnem številu v mnogih zdravih črevesjih brez povzročanja težav. Disbioza zaradi antibiotikov, bolezni ali prehranskih sprememb lahko dopusti patobiontom hitro prekomerno rast in povzroči stanja, kot so kolitis C. difficile, SIBO in IBS.
