Za razliko od črevesja, kjer je raznolikost zaželena, je vaginalni mikrobiom najzdravši, ko prevladuje en rod: Lactobacillus. Ta prevlada ustvarja kislo vaginalno okolje, ki ščiti pred bakterijsko vaginozo, glivičnimi okužbami, spolno prenosljivimi okužbami in zapleti v nosečnosti, vključno s prezgodnjim porodom. Podpora vaginalnim populacijam Lactobacillus s ciljanimi oralnimi probiotiki je na dokazih temelječ pristop z močno klinično podporo.
