Zahodna prehrana — bogata z ultra-predelano hrano, rafiniranimi sladkorji, nasičenimi maščobami in umetnimi aditivi ter revna z vlakni in rastlinsko raznolikostjo — dosledno povzroča največjo škodo raznolikosti in delovanju mikrobioma. Raziskave sledenja mednarodnim migrantom kažejo značilno poslabšanje mikrobioma v eni generaciji sprejemanja zahodne prehrane. Uživanje 30 ali več različnih rastlinskih vrst na teden je eden od najmočnejših napovednih dejavnikov bogatega mikrobioma.