Az ételintolerancia egy nem immunológiai emésztési reakció bizonyos élelmiszerekre vagy azok összetevőire – ez különbözik az ételallergiától, amely az immunrendszert érinti. A gyakori intoleranciák közé tartozik a laktózintolerancia, a hisztaminintolerancia, a fruktózmalabszorpció és a gluténérzékenység. Az egészséges és sokszínű mikrobiom segíti az emésztést, és csökkenti az intoleranciák kialakulásának valószínűségét, míg a diszbiózis idővel súlyosbíthatja vagy kiválthatja az intoleranciákat.