A gombák – köztük a Candida és a Saccharomyces – az egészséges mikrobiom természetes részét képezik, amelyet együttesen mikobiomnak neveznek. A baktériumokhoz hasonlóan egyensúlyban léteznek: a Saccharomyces boulardii aktívan megelőzi az antibiotikummal összefüggő hasmenést és a Candida elszaporodását. Amikor a baktériumpopulációk antibiotikumok vagy diszbiózis hatására kimerülnek, a gombapopulációk gyorsan elszaporodhatnak, emésztési tüneteket, hüvelygombásodást, fáradtságot és agyködöt okozva.