Az immunmoduláció azt írja le, hogyan edzi és hangolja folyamatosan a bélmikrobiom az immunrendszert. Az összes immunsejt mintegy 70%-a a bélhez kapcsolódó nyirokszövetben (GALT) található, állandó párbeszédben a bélbaktériumokkal. E párbeszéd révén a jótékony baktériumok finomhangolják a gyulladásos válaszokat, segítenek megkülönböztetni az élelmiszer-fehérjéket a valódi fenyegetésektől, és elnyomják a nem megfelelő immunaktivációt. A felborult mikrobiomot egyre inkább összefüggésbe hozzák az autoimmun betegségekkel, allergiákkal és krónikus gyulladásokkal.
