A Janeway-hipotézis az immunológia egyik alapvető fogalma: az immunrendszer megtanulja felismerni a baktériumok mikrobiális mintázatait, amelyeket a szervezet vagy tolerálni, vagy megtámadni tanul meg. A bélmikrobiom központi szerepet játszik ebben a tanulási folyamatban. A korai életkorban történő mikrobiális expozíció szó szerint alakítja, mely immunválaszok fejlődnek ki – részben ezért hozható összefüggésbe a csecsemőkori antibiotikum-használat az allergiák, az asztma és az autoimmun betegségek jelentősen magasabb arányával a későbbi életkorban.
