Bizonyos bélbaktériumokat – különösen az Akkermansia muciniphila és a Faecalibacterium prausnitzii fajokat – kulcsfajoknak nevezik: viszonylag kis számuk ellenére aránytalanul nagy hatást gyakorolnak a mikrobiom stabilitására és a bélrendszer egészségére. Eltűnésük tovagyűrűző egyensúlyzavarokat válthat ki az egész mikrobiális közösségben. Az F. prausnitzii alacsony szintjét következetesen kimutatták IBD-s és IBS-es betegeknél. A kulcsfajok védelme étrenddel és célzott probiotikus kiegészítéssel a bélrendszer egészsége megőrzésének alapelve.
