Az omega-3 zsírsavaknak (EPA és DHA) közvetlen, jól kutatott kapcsolatuk van a bélmikrobiommal. Növelik a mikrobiális diverzitást, támogatják a jótékony baktériumok – köztük a Bifidobacterium és a Lactobacillus – szaporodását, csökkentik a bélgyulladást és erősítik a bélbarriert. Az omega-3 a probiotikumok megtelepedését is javítja – segítve a jótékony baktériumokat, hogy hatékonyabban megtelepedjenek a bélben. Ezért tartalmaznak a beie. készítmények omega-3-at a probiotikus törzsek mellett.