A patobiontok olyan mikroorganizmusok, amelyek kiegyensúlyozott mikrobiomban ártalmatlanul élnek, de a feltételek megváltozásakor károssá válnak. A H. pylori, a Clostridioides difficile és bizonyos E. coli törzsek sok egészséges bélrendszerben jelen vannak kis számban, anélkül hogy problémát okoznának. Az antibiotikumok, betegség vagy étrendváltozás okozta diszbiózis lehetővé teheti, hogy a patobiontok gyorsan túlszaporodjanak, és olyan állapotokat okozzanak, mint a C. difficile colitis, a SIBO és az IBS.
