A krónikus pszichés stressz a bélrendszer egészségének egyik legerősebb felborítója. A stresszhormonok – különösen a kortizol – megváltoztatják a bélmozgást, fokozzák a bélpermeabilitást, csökkentik a mikrobiális diverzitást és a mikrobiomot a gyulladáskeltő baktériumközösségek felé tolják el. Ez ördögi kört hoz létre: a felborult bélmikrobiom a bél-agy tengelyen keresztül tovább növeli a stresszt és a szorongást. Az IBS fellángolásait gyakran stresszhelyzetek váltják ki.