A xenobiotikumok idegen kémiai anyagok – gyógyszerek, növényvédő szerek, élelmiszer-adalékanyagok és környezeti szennyezőanyagok –, amelyek jelentősen megváltoztathatják a bélmikrobiomot. A protonpumpa-gátlók jelentősen csökkentik a mikrobiom diverzitását. A mesterséges édesítőszerekről kimutatták, hogy a mikrobiom megváltoztatásán keresztül módosítják a vércukorszint szabályozását. A xenobiotikumok tudatos figyelembevétele a bélrendszer egészségének alulértékelt dimenziója, és egyik oka annak, hogy az ultrafeldolgozott étrend különösen káros a mikrobiomra.
