Cytokiny to chemiczni posłańcy układu odpornościowego — drobne białka, których komórki używają do komunikacji podczas infekcji lub stanu zapalnego. Mikrobiom jelitowy odgrywa kluczową rolę w kalibrowaniu produkcji cytokin: zrównoważony mikrobiom sprzyja sygnalizacji przeciwzapalnej, podczas gdy dysbioza może wywoływać przewlekły, łagodny stan zapalny, w którym dominują cytokiny prozapalne. Podwyższony poziom cytokin jest cechą zespołu jelita drażliwego (IBS), nieswoistych chorób zapalnych jelit (IBD) i wielu schorzeń autoimmunologicznych.