Nietolerancja pokarmowa to nieimmunologiczna reakcja trawienna na określone produkty lub ich składniki — odmienna od alergii pokarmowej, która angażuje układ odpornościowy. Do częstych nietolerancji należą nietolerancja laktozy, nietolerancja histaminy, zaburzenia wchłaniania fruktozy oraz nadwrażliwość na gluten. Zdrowy i różnorodny mikrobiom wspomaga trawienie i zmniejsza prawdopodobieństwo rozwoju nietolerancji, podczas gdy dysbioza może z czasem nasilać je lub wywoływać.