Gazy jelitowe powstające podczas bakteryjnej fermentacji niestrawionych węglowodanów są w niewielkich ilościach całkowicie normalne. Nadmierne gazy, wzdęcia i wiatry sygnalizują, że fermentacja zachodzi zbyt szybko, w niewłaściwym miejscu, jak w przypadku SIBO, lub za sprawą niewłaściwych bakterii. Bakterie produkujące dużo gazu zwykle dominują w dysbiozie, podczas gdy różnorodny, zrównoważony mikrobiom produkuje gazy w sposób bardziej stopniowy i wydajny. Probiotyki modulujące skład mikroflory mogą znacząco zmniejszyć nadmierną produkcję gazów.