Grzyby, w tym Candida i Saccharomyces, są normalną częścią zdrowego mikrobiomu, określaną zbiorczo mianem mykobiomu. Podobnie jak bakterie funkcjonują one w równowadze: Saccharomyces boulardii aktywnie zapobiega biegunce poantybiotykowej i przerostowi Candida. Gdy populacje bakterii zostają zubożone przez antybiotyki lub dysbiozę, populacje grzybów mogą gwałtownie się rozrastać, powodując objawy trawienne, grzybicę pochwy, zmęczenie i mgłę mózgową.
