Mikrobiom człowieka to pełny zbiór mikroorganizmów — bakterii, wirusów, grzybów i archeonów — żyjących w ciele człowieka i na jego powierzchni. Jelita są największym i najlepiej zbadanym miejscem, ale każda powierzchnia ciała ma własny ekosystem mikrobiologiczny. Łącznie te społeczności zawierają szacunkowo 3 miliony unikalnych genów — około 150 razy więcej informacji genetycznej niż genom człowieka — pełniąc tysiące funkcji metabolicznych, których ludzkie ciało nie jest w stanie wykonać samodzielnie.
