IBD (nieswoiste zapalenie jelit) to ogólne określenie przewlekłych chorób zapalnych przewodu pokarmowego, w tym choroby Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejącego zapalenia jelita grubego. W odróżnieniu od IBS, które ma charakter czynnościowy, IBD wiąże się z mierzalnym strukturalnym stanem zapalnym i uszkodzeniem tkanek. Objawy obejmują silny ból brzucha, krwawą biegunkę, zmęczenie, utratę masy ciała i gorączkę. IBD uznaje się za chorobę autoimmunologiczno-mikrobiomową: predyspozycje genetyczne wraz z dysbiozą mikrobiomu jelitowego wyzwalają błędnie ukierunkowaną reakcję odpornościową przeciwko wyściółce jelit.