Modulacja odpornościowa opisuje, w jaki sposób mikrobiom jelitowy nieustannie trenuje i dostraja układ odpornościowy. Około 70% wszystkich komórek odpornościowych znajduje się w tkance limfatycznej związanej z jelitami (GALT), prowadząc stały dialog z bakteriami jelitowymi. Dzięki tej rozmowie korzystne bakterie kalibrują reakcje zapalne, pomagają odróżnić białka pokarmowe od rzeczywistych zagrożeń i tłumią nieprawidłową aktywację układu odpornościowego. Zaburzony mikrobiom jest coraz częściej wiązany z chorobami autoimmunologicznymi, alergiami i przewlekłym stanem zapalnym.
