Hipoteza Janewaya to fundamentalna koncepcja immunologiczna: układ odpornościowy jest wyszkolony, by rozpoznawać wzorce drobnoustrojów na bakteriach, które organizm uczy się tolerować lub atakować. Mikrobiom jelit odgrywa w tej edukacji kluczową rolę. Ekspozycja na drobnoustroje we wczesnym okresie życia dosłownie kształtuje to, które odpowiedzi immunologiczne się rozwijają — co częściowo wyjaśnia, dlaczego stosowanie antybiotyków w niemowlęctwie wiąże się ze znacznie wyższym odsetkiem alergii, astmy i chorób autoimmunologicznych w późniejszym życiu.
