Niektóre bakterie jelitowe — w szczególności Akkermansia muciniphila i Faecalibacterium prausnitzii — nazywane są gatunkami kluczowymi: mimo stosunkowo niewielkiej liczebności mają ponadprzeciętny wpływ na stabilność mikrobiomu i zdrowie jelit. Ich utrata może wywołać kaskadę zaburzeń równowagi w całej społeczności mikrobiologicznej. Niski poziom F. prausnitzii jest konsekwentnie stwierdzany u pacjentów z IBD i IBS. Ochrona gatunków kluczowych poprzez dietę i celowaną suplementację probiotyczną jest podstawową zasadą utrzymania zdrowia jelit.
