Lactobacillus to najbardziej rozpoznawalny rodzaj probiotyczny - obecny w jogurcie, kefirze i fermentowanych warzywach. Gatunki Lactobacillus wytwarzają kwas mlekowy, który obniża pH jelit i tworzy nieprzyjazne środowisko dla patogenów. Różne szczepy mają konkretne zastosowania kliniczne: L. rhamnosus GG przy biegunce związanej z antybiotykoterapią, L. crispatus dla zdrowia mikrobiomu pochwy, L. plantarum dla wsparcia bariery jelitowej i objawów IBS oraz L. paracasei dla funkcji odpornościowych.
