Mikrobiom to kompletny ekosystem mikroorganizmów i ich materiału genetycznego żyjących w ciele człowieka i na jego powierzchni. Sam mikrobiom jelit zawiera około 100 bilionów bakterii należących do nawet 1000 różnych gatunków. Bakterie te pełnią tysiące niezbędnych funkcji: produkują witaminy, rozkładają błonnik pokarmowy, regulują odporność, wytwarzają neuroprzekaźniki i chronią przed patogenami. Mikrobiom jest dziś uznawany za wirtualny narząd sam w sobie.