Mikrobiota fizjologiczna to charakterystyczna społeczność mikroorganizmów zasiedlająca zdrowy organizm człowieka - nabywana po raz pierwszy podczas porodu i karmienia piersią, a następnie nieustannie kształtowana przez dietę, środowisko i styl życia. U zdrowej osoby ta społeczność jest stabilna, różnorodna i odporna. Poród przez cesarskie cięcie, karmienie mlekiem modyfikowanym, wczesne stosowanie antybiotyków oraz wieloletnia dieta wysoko przetworzona - wszystko to zmienia ten punkt wyjścia w sposób, który może mieć trwałe skutki zdrowotne.
